La Dirección de Medicina Tradicional y Desarrollo Intercultural, nace en Agosto de 2002 en el contexto al reconocimiento a la diversidad cultural de nuestras poblaciones mestizas e indígenas y ante la emergencia de nuevos paradigmas en la definición de los programas de atención a la salud; ha venido impulsando un modelo intercultural para posicionar en la oferta de servicios institucionales, una visión acorde con las expectativas de la sociedad y de los pueblos indígenas en un marco de respeto y promoción de los derechos humanos, la prespectiva de género y una visión innovadora y ampliada respecto al tema de Interculturalidad en Salud, con el fin de incidir en la resolución institucional de las problemáticas en estos temas y la definición de una política respecto a la medicina tradicional mexicana, las denominadas Medicinas Complementarias, presentes en las preferencias de la sociedad y la oferta de servicios. 

Con el apoyo de las unidades administrativas de nivel central y los Servicios Estatales de Salud, se ha concretado, no sin dificultad, la incorporación del enfoque intercultural en el marco normativo, la operación de los programas de salud, la capacitación del personal directivo, operativo y en formación en las escuelas de ciencias de la salud, la adecuación en la infraestructura física de las unidades de salud con la inclusión de las cartillas de acupuntura humana, medicina tradicional y homeopatía para el Sistema Nacional de Salud y en los programas de promoción de la salud, vete sano y regresa sano, enfermedades transmitidas pro vector, adicciones y salud reproductiva.

Con una apertura cautelosa, ética y profesional, se han elaborado y definido los programas de Medicina Tradicional Indígena, Salud Intercultural, Medicinas Complementarias, Atención a la Salud de los Pueblos Indígenas, además de diferentes documentos y modelos de carácter teórico, normativo y de difusión, con los aportes y experiencias de instituciones como el CDI y el IMSS Oportunidades, además de contar con la experiencia de un amplio grupo de connotados expertos e investigadores de diferentes centros de educación superior en el país y de representantes de organizaciones de sociedad civil, con los que se ha venido fortaleciendo la relación institucional. Cabe mencionar que esta apertura respetuosa se manisfestó con los aportes y participación civil en el FORO Nacional de Consulta Ciudadana realizado el 26 de  Abril de 2007 en la Ciudad de México, siendo uno de los más numerosos y representativos de ésta participación social.